In 400 Jahren hat sich die Population der Spezies Mensch auf der Erde um 99 Prozent verringert. Nur wenige Angehörige unserer Zivilisation konnten die vielen Seuchen überleben, die mit der Zeit jede Region des Planeten Erde heimsuchten. Als letztes Bollwerk der Menschheit fungiert Bregna, ein von Mauern geschützter Stadtstaat. Beherrscht von einer mächtigen Partei, die sich aus führenden Wissenschaftlern zusammensetzt, soll innerhalb des meterhohen Betonzauns ein friedvolles, paradiesisches Leben garantiert werden. Doch die oberflächliche Harmonie beginnt schnell zu bröckeln, denn im Untergrund ringt man nach Revolution: Regierungschef Trevor Goodchild (Marton Csokas) muss sterben und Cybergirl Æon Flux (Charlize Theron) ist die einzige geeignete Agentin für diese Mission.