Aeon Flux, eine Agentin, die im 25. Jahrhundert im Untergrund gegen das totalitäre Regime der letzten bewohnten Stadt der Erde, kämpft, ist die größte Hoffnung der Rebellen, die bedrückend sterile "perfekte" Gesellschaft zu stürzen. Jedoch entdeckt Aeon während ihres Auftrags, das Oberhaupt der Regierung zu töten, ein Netz voller aufsehenerregender Geheimnisse, welche die Zukunft der Welt komplett verändern könnte...