Vor 37.000 Jahren wurde ein tödliches Geheimnis in einer Höhle in Texas begraben. Jetzt wurde das Geheimnis entfesselt. Diese Entdeckung könnte das Ende der gesamten Menschheit bedeuten. Bei den Ermittlungen im Fall eines mysteriösen Bombenattentats auf ein Bürogebäude in Dallas/Texas, werden die FBI Special Agents Fox Mulder und Dana Scully in die gefährlichste Verschwörung ihrer Karriere verwickelt. Mit der zweifelhaften Hilfe eines paranoiden Wissenschaftlers riskieren Mulder und Scully ihr Leben, um einen tödlichen Virus außerirdischen Ursprungs zu vernichten, der das gesamte Leben auf der Erde auslöschen könnte. Die Suche nach der Wahrheit konfrontiert Mulder und Scully mit einem skrupellosen Syndikat mächtiger Drahtzieher, die alles daran setzen, ihr Geheimnis für immer zu bewahren...