Der junge Milo Thatch, ein tollpatschiger Sprachwissenschaftler, begibt sich auf die gefährliche Suche nach dem lange verlorenen Atlantis. Bei ihm ist ein Team etwas sonderbarer Experten: der "durchgeknallte" Sprengmeister Vinny, die schlagfertige Anna, der Spaßmacher Boudelaire, Erd-Buddler aus Leidenschaft, und einige andere kuriose Typen. Milo's kühnste Erwartungen werden übertroffen, als er und sein Team Atlantis und dessen Bewohner entdecken. Doch er hat nicht lange Zeit, mit der faszinierenden atlantischen Prinzessin Kida das atemberaubende Unterwasserreich zu erkunden, denn der skrupellose Expeditionsführer Rourke versucht, die geheimnisvolle Energiequelle von Atlantis in seine Gewalt zu bringen. Werden es Milo und Kida schaffen, Atlantis vor dem entgültigen Untergang zu bewahren?