Keiner der Händler, Geldwechsler oder Mönche, die abends noch in der Nähe von San Francesco Grande unterwegs sind, bemerkt den mit einer Tonsur geschmückten Mann, der sich als Bettler verkleidet hat. Unbemerkt betritt er das Mailänder Gotteshaus, um sich die "Felsengrottenmadonna" anzuschauen. Sein Ziel sind geheime, im Gemälde versteckte Botschaften, mit denen Leonardo da Vinci wahren Gläubigen wie ihm angeblich den wahren Glauben vermitteln will. Aber der vermeintliche Bettler wird enttäuscht. Die "Felsengrottenmadonna" wurde übermalt, vom Meister selbst. Und damit nicht genug: Der geheimnisvolle Pilger wird von einem Mann erwartet, der sich Schwarzseher nennt und die Welt von Ketzern wie dem Mann mit der Tonsur befreien will. Er durchbohrt den Ketzer, zieht eine Spielkarte aus dessen Gewand und schreibt mit dem Blut des Sterbenden eine verschlüsselte Nachricht auf die Rückseite, die nur einer entschlüsseln kann.

Dieser eine ist der dominikanische Inquisitor Augustin Leyre aus dem Vatikan. Nachdem der Schwarzseher ihm diverse Briefe hat zukommen lassen, in denen er vor einer geheimen Verschwörung des Kreises um Leonardo da Vinci warnt, macht sich der Ich-Erzähler des Romans Das geheime Abendmahl auf den Weg nach Mailand, um die vielen damit verbundenen Rätsel zu lösen. Und tatsächlich wird er im Umfeld da Vincis, der gerade mit seinem "Abendmahl" sein Opus Magnum vollendet, fündig. Bevor Leyre dem charismatischen Maler aber auf die Schliche kommt, geschehen noch einige andere Morde (und merkwürdige Selbstmorde), die den Inquisitor und seine Helfer auf die richtige Spur bringen...