Die Geisha beginnt 1929, als sich die goldene Ära der Geishas ihrem Ende zuneigte. Die Geschichte erzählt vom Niedergang einer Epoche und spielt in einem fiktiven Hanamachi oder Geisha-Viertel. Als Sayuri (Ziyi Zhang) diese verborgene Welt kennen lernt, macht man ihr klar, dass sie weder über ihr Schicksal noch über ihre Liebe selbst bestimmen darf. Unterwiesen wird sie von der legendären Geisha Mameha (Michelle Yeoh), die genau weiß, dass es in der engen Beziehung zu einem Stammgast oder Danna bestimmte Grenzen gibt. Deshalb bringt sie Sayuri bei, ihre Gefühle stets im Griff zu behalten. Im Gegensatz zu ihrer trotzigen Rivalin Hatsumomo (Gong Li) weiß Mameha, dass keine wahre Geisha es sich leisten kann, ihrer Leidenschaft für einen Mann nachzugeben. Dennoch kann Sayuri niemals vergessen, wie sie als Kind einmal unerwartet liebenswürdig und gütig behandelt wurde. Diese Erinnerung erscheint ihr wie eine Fata Morgana, gibt ihr aber Halt in den Jahren schwerer Prüfungen. Rückblickend erinnert sie sich an "ein kleines Mädchen, das viel mehr Mut aufbrachte, als ihr selbst bewusst war". Und sie fasst zusammen: "Hier geht es nicht um die Memoiren einer Kaiserin oder Königin. Diese Memoiren sind von anderer Art."