Unsere Lieblingsauswanderer sind zurück - doch diesmal hat sie das Heimweh gepackt. Sie wollen Madagascar verlassen und zurück ins heimische New York. Die vier verrückten Pinguine haben ein altes Flugzeug "repariert" und so steht dem Plan nichts mehr im Wege. Doch es kommt anders als erwartet: Mitten über Afrika stürzt die Tiercrew ab und muss sich nun durch den zweitgrößten Kontinent schlagen, wobei sie auch erstmals auf andere Vertreter ihrer Art stoßen... Ein tierisches Vergnügen von der ersten bis zur letzten Sekunde!