Michael Scofield landet nach einem missglückten Deal in "Sona", einem berüchtigten Gefängnis in Panama, in dem brutalste Gewalt regiert. Wer einmal drin ist, kommt nur im Leichensack wieder raus. Lincoln Burrows wurde freigesprochen und lässt nun nichts unversucht, seinen Bruder aus dieser Hölle zu befreien. Dann jedoch kidnappt die "Company" Lincolns Sohn L.J. und setzt ihn als Druckmittel ein: Michael soll einen anderen Gefangenen in "Sona" ausfindig machen. Möglicherweise ist der Gesuchte das Ticket nach draußen...

Episoden:
Disc 1:
01 Nichts geschieht ohne Absicht
02 Unerträgliche Glut
03 In weiter Ferne
04 Ungewollte Motivationen

Disc 2:
05 Störeinflüsse
06 Beweise müssen her
07 Vertrauen vorbei
08 Freier Wille gegen Wahrheit

Disc 3:
09 Allein unter Feinden
10 Dreck begräbt die Moral
11 Unten durch
12 Die Schlinge zieht sich zu

Disc 4:
13 Auf die Rettung folgt die Rache