New York City erlebt eine mysteriöse Mordserie: Ein Bettler nach dem anderen wird bei lebendigem Leib verbrannt aufgefunden. Die Leichen der Opfer, die allem Anschein nach nichts miteinander verbindet, zeigen auf dem Handteller eine Narbe in der Form des Buchstabens Y. Während die Polizei dem Verschwinden der Obdachlosen nur geringes Interesse entgegenbringt, führen Henry White, ein karitativ engagierter Milliardärssohn, und sein Freund Cooper ihre eigenen Ermittlungen, um die mysteriösen Morde aufzuklären. Diese Detektive in Eigenregie sind zwei der drei spielbaren Charaktere in „Yesterday“ - die dritte Figur ist niemand anderer als der geheimnisvolle John Yesterday, dessen Gedächtnis scheinbar vollständig ausgelöscht wurde und der sich gegen seinen Willen in diese unglaubliche Geschichte verwickelt sieht.