Cobra mag angezählt sein, besiegt ist die Organisation noch lange nicht. Bei einem Großangriff gelingt es, in einem Streich fast sämtliche Mitglieder der Sondereinheit G.I. Joe auszulöschen und die Überlebenden zu diskreditieren. Der U.S.-Präsident wird durch einen Doppelgänger ersetzt und der Cobra Commander trotz bester Bewachung befreit. Die verbliebenen Joes um Roadblock suchen Zuflucht bei dem originalen Joe, der sich bereit erklärt, seinen Waffengefährten beizustehen, um Cobras Weltherrschaft zu vereiteln.