Chroniken der Unterwelt - City of Bones erzählt die Geschichte von Clary (Lily Collins), die entdeckt, dass sie einer viele Generationen alten Gruppe von Schattenjägern angehört, einem Geheimbund von Halbengel-Kriegern, die dafür kämpfen, unsere Welt vor Dämonen zu bewahren. Nach dem rätselhaften Verschwinden ihrer Mutter schließt sich das Mädchen einer Gruppe von Schattenjägern an, die ihr das New York einer Parallelwelt zeigen – voll mit Dämonen, Zauberern, Werwölfen, Vampiren und anderen tödlichen Kreaturen. Gemeinsam mit den Schattenjägern Jace (Jamie Campbell Bower), Alec (Kevin Zegers) und Isabelle (Jemima West) macht sich Clary auf die Suche nach ihrer Mutter. Außerdem müssen die vier verhindern, dass der finstere Valentine Morgenstern (Jonathan Rhys Meyers) in den Besitz des mächtigen Kelchs der Engel gelangt…