Überall auf der Welt geschehen plötzlich mysteriöse Dinge, die in einem Zusammenhang zu stehen scheinen. Unter der Leitung von FBI-Agentin Olivia Dunham untersucht ein Spezialteam die seltsamen Vorkommnisse. In Staffel zwei kehrt Olivia schwer verletzt aus einer anderen Realität zurück. Bald stellt sich heraus, dass ein Gestaltenwandler hinter ihr her ist und sie töten will.

Episoden:
Disc 1:
01 Rückkehr
02 Objekt der Begierde
03 Der Colonel
04 Masse mal Geschwindigkeit

Disc 2:
05 Traumfänger
06 Der Kosmonaut
07 Kontrolle
08 August

Disc 3:
09 Snakeheads
10 Die Tür
11 Das Summen von Edina
12 Das Grauen aus der Tiefe

Disc 4:
13 Dr. Robert Bischoff
14 Jacksonville
15 Peter
16 Die Bürde

Disc 5:
17 Die weisse Tulpe
18 Der Mann von der anderen Seite
19 Brown Betty
20 Noyo County

Disc 6:
21 Die andere Seite - Teil 1
22 Die andere Seite - Teil 2