Wikipedia sagt: "Die Handlung knüpft unmittelbar an die Handlungsstränge aus Geheimauftrag Cobra an und setzt diese fort: Der Präsident der Vereinigten Staaten wurde gekidnappt und ist heimlich durch Zartan, ein Mitglied der Organisation „Cobra“, ersetzt worden. Als vermeintlicher „Präsident“ beschuldigt er die Elitetruppe G.I. Joe, Nuklearwaffen gestohlen zu haben, und lässt durch einen Militärschlag einen Großteil des Teams töten. Bei diesem Attentat kommt auch Duke, der bisherige Kommandant, ums Leben. Während sich die überlebenden Mitglieder Roadblock, Lady Jaye und Flint in Richtung Hauptstadt durchschlagen, trainieren Snake Eyes und Storm Shadows Cousine Jinx beim Blind Master und bereiten sich auf einen Schlag gegen den Superkämpfer Storm Shadow vor, den vermeintlichen Mörder von Hard Master.

Firefly und Storm Shadow gelingt es unterdessen, den Cobra Commander zu befreien. Dessen perfider Plan soll Cobra die absolute Macht über den Planeten verleihen...."