Nur noch die letzte Seite fehlt dem fiesen Piraten Burger Beard (Antonio Banderas) aus dem magischen Buch, um seinen finsteren Plan in die Tat umzusetzen: Mit den besten Burgern der Welt will er die Buletten Macht an sich reißen. Dazu benötigt er jedoch das Geheimrezept von Mr. Krabs berühmtem Krabbenburger, das sich auf der magischen Seite befindet – unten, ganz tief auf dem Grund des Pazifischen Ozeans, in der Wahlheimat von SpongeBob, in Bikini Bottom. Es dauert nicht lange, bis das Zuhause des quietschgelben Helden von dem rezeptbesessenen Piraten bedroht wird – doch irgendwann hat auch ein SpongeBob den Schwamm voll.

Gemeinsam mit seinem besten Freund Seestern Patrick Star, dem mürrischen Tintenfisch Thaddäus Tentakel, der geizigen Krabbe Mr. Krabs und dem temperamentvollen Eichhörnchen Sandy Cheeks zieht er die Hosen hoch, rückt die Krawatte zurecht und schwämmt an Land, um Beard eins auszuwischen. Mit dabei auch Erzfeind Plankton, Besitzer vom Restaurant „Abfalleimer“ und selbst scharf wie eine Peperoni auf das Rezept. Gemeinsam aktivieren sie Kräfte, die sich gewaschen haben und jeden Superhelden gelb vor Neid werden lassen.