Episoden:
"Hot Zone"
Ein Außenteam wird von einem seltsamen Virus befallen: Die Opfer halluzinieren und sterben schließlich an einer Hirnblutung. Allem Anschein nach wird die unheimliche Krankheit von Naniten hervorgerufen. Findet das Team ein probates Mittel gegen die technologische Seuche, bevor die ganze Stadt infiziert ist?
"Chaya"
Das Atlantis-Team wird durch eine unbekannte Macht vor Wraith-Angriffen geschützt und landet auf einem fremden Planeten, der auf sie wie das Paradies wirkt. Seine Bewohner leben in Frieden und Eintracht miteinander und scheinen keinerlei Technologie zu benötigen. Den Forschern erscheint der Ort als eine ideale Zufluchtsstätte für Verfolgte der Wraith. Sie wollen der Hohepriesterin Chaya einen Handel vorschlagen. Doch diese ist misstrauisch und will ihr Gegenüber erst besser kennenlernen. Als sie Atlantis besucht, gibt es jedoch einige Anzeichen dafür, dass das in sie gesetzte Vertrauen ungerechtfertigt sein könnte...
"10.000 Jahre"
Das Atlantis-Team entdeckt in einer Kälteschlafkammer eine Frau, die über 10.000 Jahre alt zu sein scheint. Das Team ist fasziniert von der Vorstellung, dass die Frau zu jener fremden Rasse gehören könnte, die Atlantis erbaut hat. Es beschließt, sie trotz des Risikos für ihr Leben aus der Kammer herauszuholen. Alle sind geschockt, als die wiederbelebte ältere Frau sich als niemand anderer als Dr. Weir zu erkennen gibt...
"Bruderschaft"
Das Atlantis-Team sucht auf dem Planeten Dagan nach einem ZPM, das von einer uralten Bruderschaft versteckt worden war, um es eines Tages den Antikern zurückzugeben. Die Bruderschaft wurde jedoch von den Wraith ausgelöscht. Während das Team versucht, die Rätsel um das ZPM zu lösen, bemerken die Genii ihre Anwesenheit auf Dagan und schließen das Team bei Grabungen in einer Höhle ein. Inzwischen klingeln auf Atlantis die Alarmglocken: Ein Wraith-Raider greift die Stadt an!